我也刚开始做fpga设计 关于你的问题我是这么想的
flash通过连线和fpga连接 fpga里面有逻辑（自己编程或者用别人的ip）实现flash控制器的功能以满足对flash进行操作的时序要求
下载线一端接在jtag口（是通过电路板的i/o 而不是直接连在fpga芯片的引脚上） 一端接在pc的usb口
至于外围电路就是一点也不明白了 我主要是逻辑开发 对板级硬件很不了解 建议你还是到知名电子论坛去问 比如edacn和61eda
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