是，分居不代表离婚，仍属于婚姻存续阶段，夫妻共同财产在离婚时原则上平均分割。婚后自建的房屋属于夫妻共同财产。要看该房屋的性质，如果该房屋属于夫妻共同财产，那么在离婚时只分割夫妻共同财产，其他人不参与分割。如果有证据可以证明父母实际出资，那么可以另案主张借款予以返还。
