安徽医科大学公共卫生学院成立与2000年10月。安徽医科大学早在1959年，以流行病学、卫生学及保健组织等教研室为基础成立了卫生系。有近20个学术团体和科研研究所（中心）挂靠该院，创办有《中华疾病控制杂志》。
1977年开始招收预防医学五年制本科。公共卫生学院现设立流行病与卫生统计学、职业卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、卫生毒理学、儿少卫生与妇幼保健学、社区卫生与全科医学、卫生检验与检疫学、卫生监督学8个学科系。中央与地方共建的“预防医学综合实验室”和“妇幼卫生综合实验室”供本科教学使用，理化实验中心、分子流行病学实验室、卫生毒理中心和环境优生学实验室为科研和社会服务平台。
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