微波武器在缺点：首先，微波穿过大气层传播时，大气中的水蒸汽、氧气和雨水对微波具有吸收作用。在战术微波武器1～100km的作战距离内，微波在某些频率的附近有衰减。
其次，由于微波武器的发射功率很大，在作战使用中，可能会在一定范围内对友邻部队的电子设备和通讯情报系统形成干扰。
最后，用微波炸弹对核、生物、化学武器储备地点及其生产基地，可能会导致有毒物质释放到空气中。
