鱼体代谢所需要的氧气须从水里获得，氧从水中进入血液，是从液相到到液相。鳃是由咽部两侧发生形成。硬骨鱼类的头部两侧具有四对很发达的鳃弓，第五对则已退化。它有扩大呼吸表面积和丰富的微血管，可以保证血液与外界环境之问气体充分地通透和弥散。水流由口进入通过鳃时，和鳃小片的毛细血管的血液进行气体交换，水中的氧气进入到血液，而机体代谢所产生的二氧化碳则从血液通过鳃排到水中。自由游泳的鱼类可以随时和饱含氧气的新水流接触，它们在游动时必须张开口让水自由进入鳃中，并从鳃盖下向外排出。
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