肛周脓肿一旦发生，就无自愈和药物治愈的可能，只有手术才能根治。患者应尽量采取一次手术治疗，避免形成肛瘘后再次手术，这样可减轻患者痛苦，节约时间和费用。至于术后是否会复发，完全在于医师能否准确定位内口及瘘管的走向，若定位错误，就是分两次手术，也难以保证术后不复发。
