医院含院本部、第一分院两个院区，设有46临床科室，14个医技科室。拥有省级重点专科13个：心血管内科、骨科、重症医学科、神经外科；呼吸内科、泌外外科、急诊医学科、病理科、肾内科、消化内科、医学影像科、肿瘤科、眼科。省级重点扶持建设专科2个：神经内科、妇科。惠州市重点专科22个：消化内科、肾内科、急诊医学科、病理科、神经内科、胃肠外科、血液内科、内分泌科、产科、新生儿科、麻醉科、医学检验科、临床护理、心血管内科、骨科、重症医学科、神经外科、呼吸内科、泌尿外科、放射科、肿瘤科、眼科。惠州市重点发展专科3个：妇科、耳鼻咽喉喉科、肝胆外科。
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