A．根据苹果酸（C4H6O5）的化学式，苹果酸分子中C、H、O原子的个数比为4：6：5，因此A正确；B．氧化物是指由两种元素组成且其中一种是氧元素的化合物，苹果酸（C4H6O5）不属于氧化物，因此B正确；C．苹果酸（C4H6O5）根据化学式可知由3种元素组成，因此C说法正确；D．有机化合物主要由氧元素、氢元素、碳元素组成，因此D说法不正确；故选：D．
