澳门科学馆整个建筑体以银色铝钢板为外墙，并有玻璃幕墙的设计，主要是引入自然光线到科学馆之内，充份显示出善用天然资源。
澳门科学馆工程总占地面积达6.2万平方米，造价为3.37亿澳门元，由一个倾斜式的圆锥体配以一个半球体和一个菱形的基座合组而组，建筑物分别是展览厅、天文馆和会议中心。当中展览厅占地面积3,600平方米，设有14个展区；天文馆面积650平方米；而会议中心则占地面积5,000平方米，预计是设有可以容纳600多人的多功能场馆及户外展览区。 澳门科学馆建筑特分为两个主建筑体，分别是科学馆主体大楼及科学馆会议中心大楼两座。 科学馆主体大楼楼高六层，由地面（CV）、二楼至五楼有合共有14个展览厅（科技文明区、基础科学区、环境科学区、生命科学区、材料与新产品区、能源区、自动控制区、资讯科技区、仿真与虚拟现实区等）外，还设有咖啡室、精品店及普通商店；而一楼是为天文馆；科学馆会议中心大楼楼高三层，在地面设有一个多功能会议厅，一楼是为即时传译会议室，而二楼则为澳门科学馆的办公室。
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