①一个四分体就是一对同源染色体，可能含有等位基因，①正确；
②姐妹染色单体是间期复制形成的，一般情况下不含等位基因，若发生基因突变或交叉互换，也可能含有等位基因，②正确；
③基因是有遗传效应的DNA片段，因此一个DNA分子的两条脱氧核苷酸链不可能含等位基因，③错误；
④一对同源染色体上可能含有等位基因，④正确；
⑤等位基因位于同源染色体上，因此非同源染色体不含等位基因，⑤错误．
故选：B．
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