本公司当月在地税代开了发票，已经扣了营业税、城建税、教育附加税、企业所得税还有印花税，综合申报还需要

首先请问下，你在地税代开的发票是建安发票吗。如果是的话，那下面的解释你就看的明白了。不过我看你的问题，应该是建安税的问题。
第一，你代开的发票是在你的公司注册地以外地区的，因为如果是你公司注册所在地，企业所得税是统一汇缴的，暂时不需要缴纳。
第二，对于你的企业所得税的缴纳是预缴的，在你的企业季度或者年度申报企业所得税的时候可以进行抵扣，至于怎么抵扣，你只要将企业所得税完税证明复印件盖公章给国税局就行了，但是有一个前提，你在公司注册地以外地区的企业所得税必须是在项目所在地的国税进行缴纳，否则在你的公司注册地的国税不认同。我猜你的企业所得税是在地税代扣代缴的，那么这笔企业所得税是不能在你公司注册所在地进行抵扣的，说白了，就是要重复缴税了。
第三，对于营业税和江海堤防费都是按你的开票金额为税基进行计算的。而教育费附加、地方教育费附加、城建税是按营业税金额作为税基进行计算的。
不明白的地方请追问，希望采纳。。。

你们是核定征收单位吗，企业所得税是根据收入
如果是查账征收是根据净利润

按征收点，是地税是否给你划定了，你要清楚公司的定位。
还有，不管是核定还是查账，所有的税收都是根据是否开了发票。有了发票数据信息传送到税务局，他才有根据来收税。
除非是个体户，小店，那么会定征收点。
是当场扣的吗 一般不会当场扣税，只有申报之后才会扣。
如果已经扣了，咨询下，应该要递交已缴税的说明，然后申报中可以在已预缴栏写上数字

去零申报