农民专业合作社法第九条规定：县级以上各级人民政府应当组织农业行政主管部门和其他有关部门及有关组织，依照本法规定，依据各自职责，对农民专业合作社的建设和发展给予指导、扶持和服务。从以上可看出养猪农民合作社的财政补贴应该由农业行政主管部门及农委或农业局、经管站管理。
