A、甲处两侧的岩层有错动和位移，形成了断层，故不符合题意；
B、根据岩层的弯曲判断乙是背斜．隧道应优先选择在背斜构造中，因为背斜岩层稳定，工程安全；在背斜构造中，地下水从中间向两侧流动，隧道内干燥通风，故正确；
C、⑤是侵入岩，是岩浆岩．岩浆来自软流层，是属于地幔部分，故不符合题意；
D、⑥处岩石原来是石灰岩，经过⑤岩浆活动形成的岩浆岩的作用的影响，它的性质发生了变化，形成了新的岩石，石灰岩经过变质作用形成大理岩．所以⑥处的岩石最可能是大理岩，故不符合题意．
故选：B．
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