我不太清楚你主管税务机关的申报系统，不知道你是哪个省份的。你既然谈到了销项负数，我可以确定你是一般纳税人企业，那么你2月申报时，税务机关应的提示的，因为一窗式比对是有异常。理论上讲他们会提醒你的。
给出下面的建议仅供参考：将负数金额和税额分别填报到4月报表的对应栏次，也就是直接冲减本月数据，是一般纳税人企业，可能会在大厅申报进行一窗式比对时，会出现比对异常的，请事先带一份说明材料，盖好公章，请大厅的异常比对岗转复核岗处理。
如果税务局运用的是综合征收管软件1。0版的，也可以进行1月份的补充申报，再进行4月的申报。
只直减去负数发票的税额填到税额栏即可
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