伊斯兰教徒在元朝时被称为“木速蛮”、“答夫蛮”。在中央设立回教法官，负责教内法律的执行。在元朝时，伊斯兰教已经从沿海外国小教发展成为政府系记的合法大教，与佛教、道教、儒教、基督教并列。当时著名的清真寺主要有泉州清净寺、广州怀圣寺、杭州真教寺、昆明礼拜寺等。
