不明白房管测绘部门需要什么购房协议作为依据，他们的工作应该就是如实反映实地测绘结果，而不需理会房屋买卖双方有什么协议。无论测绘结果是什么，也不管购房协议上怎样约定，都不会牵扯到测绘部门的责任。这一点我不理解。
我不知道你原来的购房合同是否采用标准合同文本，如果是标准的房屋买卖合同中应该有一个条款，对于面积差异超过3%有这样的规定：
面积误差比绝对值超出3%时，买受人有权退房。买受人退房的，房地产开发企业应当在买受人提出退房之日起30日内将买受人已付房价款退还给买受人，同时支付已付房价款利息。买受人不退房的，产权登记面积大于合同约定面积时，面积误差比在3%以内(含3%)部分的房价款由买受人补足；超出3%部分的房价款由房地产开发企业承担，产权归买受人。产权登记面积小于合同约定面积时，面积误差比绝对值在3%以内(含3%)部分的房价款由房地产开发企业返还买受人；绝对值超出3%部分的房价款由房地产开发企业双倍返还买受人。
如果要写补充协议，把上述条款强调一下，并加上具体执行方式就可以了。
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