为便于生产操作和减少污染源，培养料堆制发酵、配料、装袋、灭菌等工艺应在地面完成。将灭菌后的耳袋放入周转筐内用小车送入地下室接种，发菌。根据地下室的宽度，将接种后的料袋分行排列在铺有垫板的地面。4米宽的地下室，可堆成3行；2～3米宽的地下室可堆成2行，堆高1～1.2米。上堆的方法，温度低时可采用柴堆式，温度高时可采用“井”字形。有条件的地方，也可设专用层架，根据温度情况，分别集中在中、下层或进行分散性堆放发菌。为降低生产成本，减少能耗，要尽可能利用18℃以上自然温度发菌。如果有必要，可采用干热加温方法提高室内温度。发菌室不宜过大，可分隔成若干个20～40米2的小间。地下室不需光照也适于毛木耳菌丝的发菌培养。为了便于操作管理，室内可设红光灯泡，有微弱光照即可。红光对毛木耳菌丝生长还有一定促进作用。发菌期相对湿度应控制在65%以下，地下室往往湿度较高，可采用抽风方法通风排湿。发菌期间要适时翻堆，一般在10天左右翻堆1次，使发菌整齐一致，提高发菌质量。对污染严重的菌袋，要移到地面处理。经35～45天菌丝在袋内长满，然后进行催耳和出耳管理。
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