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病菌随病残体或在土壤中腐生越冬，翌年产生的分生孢子和菌丝体成为初侵染源。苗期初侵染源还可以是附着
在种子短绒上的分生孢子和潜伏于种子内部的菌丝体，播种后即侵入为害幼芽或幼苗。
棉铃期，分生孢子或菌丝体借风、雨、昆虫等媒介传播到棉铃上，从伤口侵入造成烂铃，病铃使种子内外部均带菌，形成新的侵染循环。红腐病菌在3～37℃温度范围内生长活动，最适20～24℃。高温对侵染有利。
潜育期3～10天，其长短因环境条件而异。日照少、雨量大、雨日多可造成大流行。苗期低温、高湿发病较重。铃期多雨低温、湿度大也易发病。棉株贪青徒长或棉铃受病虫为害、机械伤口多，病菌容易侵入发病重。棉铃开裂期气候干燥，发病轻。
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