在具体诉讼规则的构建上，行政诉讼与民事诉讼也有重大区别，例如举证责任的分配。在民事诉讼领域，奉行“谁主张，谁举证”原则，即《民事诉讼法》第65条第一款规定的，“当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。”如果无法证明，则要承担败诉等不利后果。而在行政诉讼中，则奉行“举证责任倒置”。所谓举证责任倒置，指基于法律规定，提出主张的一方当事人（一般是原告）就某种事由不负担举证责任，而由他方当事人（一般是被告）就某种事实存在或不存在承担举证责任，如果该方当事人不能就此举证证明，则推定原告的事实主张成立的一种举证责任分配制度。在一般证据规则中，“谁主张谁举证”是举证责任分配的一般原则，而举证责任的倒置则是这一原则的例外。
这一例外规定对保障行政相对人实体上的诉讼权利至关重要。众所周知，行政相对人与行政主体在实力上差距巨大，前者的弱势加之后者有意无意的妨碍，使得相对人很难搜集到充分完整的证据，达到民事诉讼中的证明标准。举证责任倒置实际上将原本属于相对人的举证责任转移到行政主体一方，保证了双方的实质平等。
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