四川大学是生物医学工程专业好还是应用数学专业好？

应用数学。
生物医学专业本身是很不错的，但是你需要考虑下毕业之后的问题。川大自从把华西医大合并了之后，知名度和排名都有大幅度提升，而华西原来的和医学以及生物方面的专业收分也是持续爆高。但是你需要明白一个现状就是，目前川大收分最高的临床和口腔都面临就业难度问题。不信你可以自己去川大医学部问。现在的本科，甚至研究生都很难留院。
而应用数学也是川大的传统优势学科，在师资和教学上都有很丰富的经验。。而且应用数学出来，至少不会一毕业就失业，咱再不济也能当个老师不是？
选专业不能选哪种表面上名字好听的专业，除了要考虑个人偏好之外，还必须考虑到就是毕业之后的就业和深造问题。很现实但是是没有办法的事。
顺便说一句，楼上那些所谓的全国排名，不是没有价值，但确实参考价值不大。应为你看到的知识一个单纯的数字，连是什么排名都不知道。那么它排名所依据的条件你就更不晓得了。
那么这种排名有啥子意思嘛……
希望你慎重考虑呀···

我也是学生物医学工程的，东南大学的，我们学校研究生有三个可选方向：分子（基因或材料方面的），医学电子（医学仪器相关的），医学影像（计算机影像科学与技术方面），偏医学的没有。
东大的生医系是最早创办的，据说是全国该专业的蓝本，所以其他学校的设置可能会跟东大的差不多，当然也有可能他们已经创建发展了自己的领域，或许会有你感兴趣的方向，这个我具体不是很清楚，不能提供什么更可靠的信息了，抱歉，呵呵。你可以跟相关的学校联系一下，具体了解。
据我所知，目前国内生医系比较好的几个学校：东大、浙大、上交、西交。

另外，如果各校的生医系都没有你期望的研究方向，一定要考虑清楚，若真的很喜欢医学方面的就跨专业考研好了，千万不要硬着头皮继续学生医，目前国内这个领域刚刚起步，很多地方很不完善，搞研究的（分子方向）难找工作，搞应用的（医学电子和医学影像）工作机会也只是比分子多一点而已，而且常常因为找不到完全对口的工作，只好去跟学计算机软硬件的学生竞争，但毕竟专业背景没有人家强，很容易简历就被直接筛掉。所以要入生医这一行，一定要慎重考虑好。

嘿嘿~~你问这个干嘛？
嘿嘿....真的要来？呼呼~~