在慢性胃炎的病程中，胃腺细胞常常发生形态变化，最常见的是肠腺化生，是指胃腺转变成肠腺样。通俗地说，就是胃内的组织转变成与肠类似的组织。90％以上的萎缩性胃炎常伴有肠腺化生。肠腺化生后可使致癌物质被胃粘膜吸收，又不能迅速将吸收物运走，而在胃内停留较长时间，这些致癌物质在胃内会刺激胃粘膜使之发生癌变。
萎缩性胃炎胃酸分泌减少，促使胃内细菌增加，给一些致癌物，如亚硝胺类等在胃内合成创造了条件。致癌物刺激胃粘膜而发生癌变。萎缩性胃炎胃小凹处上皮常可发生增生。增生的上皮和肠化生上皮可发生发育异常，形成所谓“不典型增生”。中度以上不典型增生被认为是癌前病变。
因此，一旦确诊为萎缩性胃炎或由浅表性胃炎发展为萎缩性胃炎，一定要按照医生的意见进行积极治疗及定期复查。定期复查的方法主要是胃镜检查。随着科学技术的发展，以前的纤维胃镜已被现在的电子胃镜所取代，大大减轻了被检者的痛苦，提高了诊断准确率。因此，患者不必为胃镜检查而恐惧。近年来，国内外专家对萎缩性胃炎与胃癌的关系进行了大量研究，并没有得出萎缩性胃炎一定会发展成胃癌的结论。慢性萎缩性胃炎癌变率为6％～10％
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