消毒排泄物、分泌物、垃圾等废弃物时，只需考虑消毒效果。而消毒那些有价值的物品时，则应注意既不损坏被消毒物品，又要保证确实的消毒效果，如金属笼具等不能使用具有腐蚀性的消毒剂等；对饲槽、饮水器等的消毒，不宜使用有毒的化学消毒剂；对含有大量有机物的环境及污物消毒时，不但消耗消毒剂，而且由于蛋白质的凝固而对微生物起保护作用，故不宜用凝固蛋白质性能强的消毒剂。垂直光滑的表面，喷洒药物不易滞留，应用消毒液冲洗或擦拭；粗糙的表面，易于滞留药物，可进行消毒液喷雾处理。
消毒现场的水源、鸭舍的密闭性能、鸭舍内有无鸭只等，对选择消毒方法及消毒效果有很大影响。在水源丰富地区的疫源地，可采用消毒液喷洒；缺水地区，则应用粉剂消毒剂撒布。鸭舍密闭性好时，可用熏蒸法；密闭性差时，可用消毒液喷洒。鸭舍内有鸭只时，则应选择毒性及刺激性较小的消毒剂等。
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