有益作用：
① 提高土壤肥力：土壤中有机质分解，矿物质转化，腐质质形成，都是微生物作用。
② 扩大肥源、能源：沼气；微生物促使有机肥料的分解。
③ 促使作物生长：直接营养植物的作用，如根际微生物；植物菌根、菌根菌。
④防除病虫杂草:微生物农药可以抑制杀死病原微生物,能寄生于杂草上致杂草死亡。
⑤改善饲料品质：如青贮饲料，糖化饲料。
⑥ 保护环境：工业污水处理等。
⑦ 有机肥料堆积：使有机物腐熟。
有害作用：
微生物引起动植物病虫害造成极大损失，估计我国每年由于微生物引起的病害损失总产量在30%左右，有些有毒微生物则产生有毒物质而抑制作物生长，有些微生物寄生于家畜体内，引起流行病，有些微生物产生毒素污染食物及引起人畜中毒等。
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