解:过点F作FH⊥AC于H,
∵∠ACB=90°,
∴BC⊥AC,
∴FH∥BC,
∴△AFH∽AEC,
∴
=AF AE
,FH CE
∵AC=3,BC=6,点E是BC的中点,
∴AC=CE=3,
∴△AEC是等腰直角三角形,
∴∠EAC=45°,AE=
=3
32+32
2
∴AH=FH,
设FH为x,则AH=x,∴AF=
x,
2
∴
=
x
2
3
2
,x 3
解得:x=1,
∴AF=
,
2
故答案为:
.
2