我该如何收集事实劳动关系证据？

　　1、公司没签劳动合同，按劳动合同法第八十二条规定：用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。还可依据劳动合同法第四十六条、第四十七退的规定索取经济补偿金。
　　2、你辞职的理由，可以有三：一是不按时签订劳动合同；二是不按规定按时、足额缴纳国家法定的社会保险（如果没有）；三是恶意拖欠劳动者工资。
　　3、按上述理由辞职（任何一条都行）以书面形式交给公司，最好让他们签收或挂号信送达，确认送达后你即可立马走人。
　　4、关于证据按照“劳社部发〔2005〕12号”《关于确立劳动关系有关事项的通知》：
　　用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：
　　(一)工资支付凭证或记录(职工工资发放花名册)、缴纳各项社会保险费的记录；
　　(二)用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件；
　　(三)劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录；
　　(四)考勤记录；
　　(五)其他劳动者的证言等。
　　其中，(一)、(三)、(四)项的有关凭证由用人单位负举证责任。
　　5、按《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第六条的规定，在劳动争议纠纷案件中，因用人单位作出开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生劳动争议的，由用人单位负举证责任。
　　6、《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条也有规定，“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”
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　　补充：
　　1、“承担不理后果”意思就是：如果单位不提供由单位管理的证据，正如你说的他们毁掉，则将按照对你有利或直接按你的诉求裁决。
　　2、由老板签名的辞职申请是非常有效的证据，你朋友、同事提供的证言是有效的，但他们要出庭很麻烦，最好请他们写成书面证词比较方便。
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　　3、如果这个部门经理敢如你所说否认自己是这个单位的员工，那他就是在作伪证，是要追究刑事责任的，他不敢为了一个老板冒这个风险，因为他的为证是很容易识破的。你真的不用担心。

我觉得你同事手中的离职申请书在一定程度上是能证明事实劳动关系的，如果没有劳动关系，何必要提出离职呢？况且还有老板的签名。

其实应该有很多证据可以搜集的，名片、电子邮件也算的，另外比方说公司的门禁卡、员工卡，甚至公司制服之类的，如果这些都没有，你有提到工资是从银行划帐的，银行应该有相应的记录，可以请银行提供明细，表明有从公司定期向员工支付工资。

另外，你提到有拿业务提成，请问楼主是销售人员吗？如果是，那一定有和客户接触的机会，所以还可以搜集一些和客户联系时的资料，比方说是不是有你代表公司和客户签定的合同之类的，如若客户愿意证明就更好了。

其他同事所提供的证明也是可以的，所以我感觉你的证据应该是比较充分的，应该用法律的武器维护自己的权益，支持你，并祝你好运。

工资卡是单位给办的吗？这对你很重要。
还有，就是，如果你同事的辞职报告申请书上的老板是法人，是证据。
实务中对证人证言的认可性不高。而且条件苛刻。不建议使用，
向你的邮件阿、名片阿，什么的可以作为间接证据使用，想教训他光凭这些是不够。开会记录什么的，有你老板的签名还行，没有的话，没用。
如果，你有客户，他又和单位签合同，合同上又有你的签名、单位的章，你可以考虑考虑找客户要一份这个。
关于证据，提示你一点，如果，你有办信用卡，单位给你出过收入证明，你可以找银行。