第一部分.答案
1、合同有效。
2、B公司应当承担的责任，与A公司无关。
3、C公司无法完全承担的责任，由A公司承担。
4、法院应当根据原告的诉求、依法查明的证据和我国相关法律规定裁判。
第二部分.理由
本案应当准确区分三个法律关系。
首先区分A公司与B公司的法律关系；其次，区分A公司和C公司的法律关系；再次，分清C公司和承包人之间的法律关系。
1、A公司与B公司：A公司与B公司是两个独立的公司。A公司是B公司的股东，但是A公司并不会因为股东的地位而承担B公司的债权债务。所以，A公司与B公司对棉纺厂的债务无关。
2、A公司与C公司：C公司是A公司的分支机构。我国法律规定，分支机构有营业执照的，可以作为被告。但是，C公司并不是独立的法人，C公司作为分支机构无法完全承担的相应法律责任，应当由A公司承担。
3、C公司与承包人：这是公司内部经营管理的问题，没有对外效力。
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