合作社虽然对外通过经营活动取得利润，但是对内则不以营利为目的。合作社当年盈余与企业会计中的当年利润相对应，反映的是农民专业合作社一个会计年度内（1月1日至12月31日）的经营成果。
计算方法是：当年盈余=农民专业合作社当年收入总额-成本-税金-有关费用
农民专业合作社的盈余分配，由两部分组成；一是提留公积金，二是扣除公积金之后的可以分配盈余。
盈余分配的顺序：（1）弥补亏损。合作社用本年度的盈余直接弥补以前年度的亏损。
（2）提取盈余公积金。合作社按规定从当年盈余中提取盈余公积金。盈余公积金主要用于弥补亏损、扩大再生产或者转为成员出资。
（3）盈余返还。合作社弥补亏损和提取盈余公积金后的可分配盈余，按成员与本社交易量（额）比例返还，返还总额不得低于可分配盈余的60%。
（4）剩余盈余分配。合作社按前款规定返还后的剩余可分配盈余，以成员帐户中记载的出资额和公积份额，以及本社接受国家财政直接补助和他人捐赠形成的财产平均量化到成员的份额，按比例分配给本社面员。
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