南瓜炭疽病病原为半知菌亚门的葫芦科刺盘孢真菌。它主要是以菌丝体或拟菌核在种子上，或随病残株在田间越冬，在翌年条件适宜时，产生大量分生孢子，并成为初侵染源。病菌分生孢子主要通过雨水传播，孢子萌发的最适温度为22～27℃，病菌生长的最适温度为24℃，若病菌所处环境在8℃以下，或在30℃以上即停止生长。
