03出的时候漫画才到第8卷，所以03是脱离原作漫画自己原创剧情的作品,当然借鉴了一部分漫画情节（大概占漫画情节的1/9左右)。漫画和03版动画（也就是你所谓的第一季）在主线剧情完全不一样，基本上可以说除了个别人名一样、外形一样以外没有任何相同的地方。比如03版动画的但丁，漫画里就根本没有这个人；还有03版泉师傅的孩子在漫画里没有出现过；03里爱德华的妈妈成为了人造人，在漫画里也没有这个人…… 类似这种根本性的差别有很多，无法一一列举。真正差别巨大开始于“第14话 地下潜伏者”。
03年版本的钢之炼金术师，这部作品是只照搬了原著漫画的一小部分，其他部分大多都是原创，相当于优秀的同人作品。
而钢之炼金术师FA则是今年的四月新番，是完全改编原著漫画的，也就是说FA才是钢炼真正的内容。但因为要回归漫画，所以前几话会跟03年版有些重复，但从第15话开始就和03年版完全不同了。
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