三个学院是并列平级的，均直属于复旦大学。
此三个学院原先都是上海医科大学的一部分，上海医科大学合并入复旦大学之后，上医大的组织势力很难消化，势力太大导致在复旦内部话语权过大，又是争取运营财政独立又要人事安排的自主权。复旦为了分化上医大的势力，故而将医学院一分为三，让他们互相争夺资金，互为犄角之势，这么一来，校方很容易管控了。
为阻止它们串联，进而又将药学院迁去张江校区。这一系列操作后，上医大的实力不升反降，水平下滑明显。
有传言说，复旦打算将三个学院再整合，不过说了有很长时间却一直没有下文，十有八九内部利益摆不平，没戏。
以前是并列的，上海医学院和公共卫生学院在枫林校区，药学院在张江校区。
但从上学期开始就逐渐在改革，要设立一个“基础医学院”，然后把这三个院系归到“基础医学院”去。改革还在继续进行，所以具体改成什么样了也不是很清楚。
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