在生态系统中，细菌和真菌等能分解动植物的遗体遗物，产生二氧化碳和水，返回无机环境中，可见细菌、真菌等微生物作为分解者参与二氧化碳等物质的循环，在食品加工、制药、农业病虫害防治以及环境污染的治理等方面有重要作用，如利用酵母菌可以制作面包、馒头，乳酸菌可以制作酸奶，也有些微生物对人类是有害的，会致病。
