二者药理作用相似，同为青霉素类抗生素。但，阿莫西林双氯西林钠胶囊的有效成分为阿莫西林和双氯西林钠，阿莫西林为广谱青霉素类抗生素，双氯西林为异恶唑青霉素，双氯西林不易被青霉素酶破坏。比起单一的阿莫西林， 阿莫西林双氯西林钠较不易被青霉素酶破坏，且药效强。
