两者临床症状很相似，但也有区别，一是猪口蹄疫多发生低温季节，夏季发生较少，而猪水疱性口炎则多发生在夏季和初秋；二是猪口蹄疫发病率高，仔猪患此病死亡率也高，而猪水疱性口炎则发病率和死亡率都很低；三是患猪水疱性口炎的猪口腔病变严重，采食受影响，但食欲未消退，而口蹄疫则可使食欲减少或废绝。
两者最主要的区别是引起疾病的病毒不同，鉴别诊断则应通过实验室诊断。
水泡病病变多在口腔等，口蹄疫多在口腔，蹄镓上较为严重，容易发生急性心肌炎死亡，疱疹和口炎能辨别出来。如果同时这几种病就去化验一下！
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