你说的是作为生产型企业给国内贸易公司开发票吧，因为如果是出口， 给客户开的发票实际跟税务是关系不大。
1. 实际操作中都是出货后才开发票的。 如果提前开， 尾货拖延， 账目上会有些问题。
2. 我理解的60%款到才能发货， 不明白你所的实际出货跨年是什么意思。 预计好生产完成时间才通知客户付60%的。 无论怎么说， 如果合同内容规范明确， 正常操作下， 跟税务是好解释的。
3. 会计科目这块，我理解为货到客户那边的10%是服务费，调试费， 不一定要作为货物成本发票定科目。 所以应该不会有冲突。 具体您在跟有经验的老会计沟通下吧。
你这样，无论怎么写保证金，很可能都会要不回来的，，谢谢求，赞同
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