共转染就是把2种以上的质粒同时转染到同一个细胞。谁告诉你“但是质粒不相容啊，可以转两个质粒到同一细胞吗？”这个概念的？完全错误。
我发表过的一篇文章，专门就是用这个共转染的方法，你可以看看
http://wenku.baidu.com/view/4f0d814afe4733687e21aa1d.html
当然，你把2个序列同时克隆到一个质粒也可以。可以用2个启动子分别驱动，或者串在一起，中间用核糖体结合序列相连，这样翻译的时候可以保证2者都得到翻译。
可以的，共转即两个基因同时转进同一个宿主细胞。要不要构建载体，就要看你的宿主细胞是什么了
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