不知道你的信号持续时间多长。比如，一个long型数据是否能否容纳总的秒数。如果可以，就从时间控件里边发出一个全局变量，作为整个程序的绝对时间。这样就好处理了，就有了第一秒，第二秒……。剩下的就用你描述的算法去除干扰后平均就可以了。
其实我觉得，你的滤波输出不一定非要取得前5秒的数据。因为你前5秒的算法和第6秒之后的算法本身就不同，前5秒的滤波输出数据其实也是没有意义的。假如信号足够长，前几个数据丢掉应该是可以的。
还是不太明白你要搞什么，是不是想知道哪一秒是第一秒啊？
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