公安机关立案侦查的刑事案件不是说当事人商量好就可以去撤案的，公安机关撤案需要符合下列法定情形：《刑事诉讼法》第十五条 有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
因此，公安机关不可能会因双方协商而撤案，其他人也会被继续上网追逃。
应该还会网上追讨，因为这是触犯刑法的刑事责任；公司的赔偿只是民事方面的赔偿；建议你找一位律师协助你们处理
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