刑事案件被告认为对自己有利的没有查清找哪个部门

如果特指被告人的话，那么被告人对自己有利的证据没有查清应当找法院，因为已经进入了审判程序。但是如果你所指的“被告人”还包括犯罪嫌疑人的话，这个问题就要分几种情形来回答你：

【侦查机关在侦查过程中有所遗漏】

1. 直接向侦查机关反映。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十三条的规定：“公安机关对已经立案的刑事案件，应当进行侦查，收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。”所以，侦查机关在侦查过程中是有义务查清对犯罪嫌疑人有利的证据的。如果在侦察阶段，犯罪嫌疑人可以直接向侦察机关反映情况，提供线索。

2. 委托辩护人申请调查取证。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第四十一条规定：“辩护律师经证人或者其他有关单位和个人同意，可以向他们收集与本案有关的材料，也可以申请人民检察院、人民法院收集、调取证据，或者申请人民法院通知证人出庭作证。”所以，被告人可以委托律师担任其辩护人，让辩护人向检察院、法院申请收集、调取对被告人有利的证据。

3. 委托辩护人自行调查取证。第四十条规定：“辩护人收集的有关犯罪嫌疑人不在犯罪现场、未达到刑事责任年龄、属于依法不负刑事责任的精神病人的证据，应当及时告知公安机关、人民检察院。”从这一条规定可以看出，辩护人是有自行调查权的，也就是说被告人可以委托律师担任辩护人，然后自行调查对自己有利的证据。

4. 在庭审中向法庭提出。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百九十八条：“在法庭审判过程中，遇有下列情形之一，影响审判进行的，可以延期审理：(一)需要通知新的证人到庭，调取新的物证，重新鉴定或者勘验的”所以，被告人认为有利于自己的证据未查清或者提交的，可以在庭审中直接向合议庭提出。

【有利于被告人的证据未提交的】

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第三十九条规定：“辩护人认为在侦查、审查起诉期间公安机关、人民检察院收集的证明犯罪嫌疑人、被告人无罪或者罪轻的证据材料未提交的，有权申请人民检察院、人民法院调取。”所以，如果是公安或者检察院，已经掌握了有利于被告人的证据，但是没有依法提交的，这时候要找检察院或者法院申请调取。

【公检法三机关都有义务收集罪轻证据】

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十条规定：“审判人员、检察人员、侦查人员必须依照法定程序，收集能够证实犯罪嫌疑人、被告人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据。”法院、检察院、公安机关都有义务全面地收集犯罪嫌疑人、被告人的各种证据，包括有利证据。

综上所述，三机关都有收集有利证据的义务，但是具体到每个阶段的话有所区别。在侦查阶段犯罪嫌疑人可以直接找侦察机关，审查起诉阶段可以找检察院，审判阶段可以找法院。值得注意的是：在整个刑事诉讼过程中，都可以委托律师来调查取证。