A.pH=3的盐酸中氢离子浓度为0.001mol/L,而pH=11的氨水中一水合氨的浓度远远大于0.001mol/L,所以两溶液混合后氨水过量,溶液显示碱性,溶液的pH>7,故A错误;
B.盐酸为一元强酸,氢氧化钾为一元强碱,两溶液等浓度、等体积混合后溶液显示中性,溶液的pH=7,故B错误;
C.醋酸为由于弱酸,而氢氧化钠为一元强碱,两溶液等体积、等浓度混合后恰好生成醋酸钠溶液,醋酸根离子水解,溶液显示碱性,溶液的pH>7,故C错误;
D.pH=3的氢氧化钠的浓度为0.001mol/L,而pH=11的醋酸中醋酸的浓度远远大于0.001mol/L,所以两溶液混合后醋酸过量,溶液显示酸性,溶液的pH<7,故D正确;
故选D.