邦联制的缺陷是中央集权被削弱，使得国家法令会出现执行效率问题。
举个例子，像奥巴马的医改政策，这个医改在国家层面上已经得到了推行，但却有几个州拒绝实行，因为这几个州是反对党共和党占优，处于各种原因不愿意执行身为民主党的奥巴马的这个政策。
从这点来看，联邦制给了各个州很大的权利，自然就削弱了中央的集权。
此外联邦制也有独立分裂的危险，比如曾近的苏联。但和苏联相比，美国各州没有军权，这个危险度比苏联要小很多很多。
邦联制是指若干个独立的主权国家为实现某种特定目的（如军事、经济方面的要求）而组成的一种松散的国家联合。
中国的周朝内的各个诸侯国主权高度独立，周王为名义上的共主，跟现在的邦联制相似。邦联制（Confederation）是一种复合制的国家形式，比联邦制（federation）松散，是主权国家的联盟，通常根据条约组建。
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