A、加热杀死的S型菌与R型菌混合使R型菌转化成S型菌属于基因重组，故A错误；B、S型菌与R型菌的结构不同的根本原因是遗传物质不同，不同的遗传物质控制合成不同的蛋白质，因而导致结构有所差异，故B正确；C、肺炎双球菌属于原核生物，利用自身核糖体合成相应蛋白质，故C错误；D、高温变性后的蛋白质只是空间结构发生改变，而肽链中的肽键还存在，因此仍能与双缩脲试剂发生紫色反应，故D错误．故选：B．
