刺客信条本色的操作分为两种模式，一种是类似于 PC 平台上点击行走的模式，而另一种则是手游中较为常见的模拟双摇杆。为迎合手游的特殊操作模式，攀爬、下跳、翻越等等动作都一律被简化，只需要跑到障碍物周边即可做出相应动作。至于刺杀动作则是改为点击敌人头部上方的骷髅图标来实现。
