A、样方法：样方边界上的个体全不计算在内，得到的数据比实际数值偏小，A错误；
B、标志重捕法计算公式：种群中个体数（N）/标记总数=重捕总数/重捕中被标志的个体数，由于被捕一次后更难捕捉，则重捕中被标志的个体数偏小，则得到的数据比实际数值偏大，B正确；
C、抽样检测法：在未经摇匀的酵母菌培养液上层取样，得到的数据比实际数值偏小，沉淀物中取样，则得到的数据比实际数值偏大，C错误；
D、丰富度调查：不统计不认识的物种，得到的数据比实际数值偏小，D错误．
故选：B．
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