依经济部组织法第十六条规定，商业司主要职掌如下：
1. 关於我国商业政策及法规之拟订。
2. 关於商业之规划、管理、辅导、监督及统筹配合事项。
3. 关於商约、商税之研究事项。
4. 关於商标注册之监督事项（由智慧财产局办理）。
5. 关於公司、商业之登记管理及监督事项。（资本额五亿元以下委托经济部中部办公室及北、高市政府办理）
6. 关於物质调节及物价管理事项（由各部会依权责办理）。
7. 关於商品检验之监督事项（由标准检验局办理）。
8. 关於商品展览、推广事项（国外部分由国贸局及外贸协会办理）。
9. 关於商业团体目的事业之指导、监督事项。
10. 关於其他商业行政事项：（如商业会计、市场、摊贩、商品标示、全国商业行政资讯系统、电子工商、特定目的事业、电子游戏机、商业科技、电子商务、物流、商业环境、商业投资抵减、优良商店认证、商业人才培训等业务之规划、推动与辅导等。）
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