音乐学系目前已建立了中国音乐史、中国传统音乐理论、西方音乐史、音乐美学、世界民族音乐理论及音乐艺术管理6个专业研究方向,以及多媒体教学工作室、佛教音乐文化研究室、音乐心理研究室、民族音乐科学技术实验中心四个研究室。另附设中央音乐学院远程教育学院认证课室。各专业所设课程的总和已达80余门。这些理论课程中,有许多在国内属唯一开设。所有主干课程(含西方音乐史、中国音乐史、中国传统音乐、世界民族音乐、音乐美学)均具有多媒体教学的能力。中央音乐学院音乐学系教师多年来在科研上付出了艰辛的劳动,也获取了丰硕的成果,从建系至今已出版和发表的专著、教材和论文近万部(篇),许多研究成果填补了国内外音乐学学科建设的空白,并被全国其他艺术院校所采用。