A、由于不同的色素在层析液中的溶解度不同，扩散速度也不同，因此利用纸层析法分离叶绿体中的色素，A正确；B、由于噬菌体在侵染细菌的过程中，DNA注入细菌，而蛋白质外壳留在外面，因此利用离心法分离噬菌体外壳和其侵染的细菌，B正确；C、同位素可用于追踪物质运行和变化过程，因此利用同位素标记法研究DNA的半保留复制，C正确；D、光学显微镜不能看到亚显微结构，即不能观察到磷脂分子，D错误．故选：D．
