番木瓜疮痂病属半知菌亚门，芽枝霉属真菌。分生孢子梗单生或束生，暗褐色，顶端或中间膨大成结节状，39～183μm×3.0～6.0μm，光滑，分隔。分生孢子多数无隔，少数1～2隔，串生，圆形、椭圆形或圆柱形，表面密生细刺，近无色至淡橄榄褐色，4～16.2μm×2.5～5.0μm，大多为5～9μm×2.5～4.2μm。
