1、合作医疗是头年缴纳第二年的参合资金，生效时间为次年1月1日——12月31日。第二年如果不缴纳下一年的参合资金，自动终止。
2、参加城镇医疗保险本不能同时参加合作医疗。你不缴纳次年合作医疗资金就行了，直接参加城镇医疗保险。
如果你因为合作医疗系统中有你母亲的名字导致不能参加城镇医疗职工保险，（有的系统联了网，可能系统认为是同时参加），那么请当地合管办将你母亲的名字在合作医疗系统中注销就行了。
原则上就是你说的那样，新农合，交1年保1年，不交不保，去年没交费，今年就不应该有记录了
建议你去当地卫生局的农合办咨询下
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