医院历来重视科学研究，在白血病的病因与发病机理、血管性假性血友病发病机理临床分型的研究、人类白血病耐药特征、机理和逆转及其应用的研究、对造血干、祖细胞转基因的实验研究、脑神经生化、脑肿瘤分子生物学基因诊断与治疗研究、血小板生理功能、血栓与止血的基础与临床研究、心肌细胞电生理、膜离子通道和受体相关性研究、心脏移植免疫耐受实验等领域的研究方面取得了显著成绩，有的填补了国内空白，有的已达到和接近世界先进水平。自1978年以来，共获科研成果奖400余项，其中国家级科技成果奖8项，部省级200余项，市厅级300余项。陈子兴教授等的单篇论文经SCI检索自1995年起连续三年国际引用次数名列全国第一；2002年SCI排序名列全国医疗机构第30位，列江苏省首位；2004年由骨科唐天驷教授、杨惠林教授等主持研究的科研成果“脊柱后路经椎弓根内固定的基础和临床研究”，荣获了国家科技进步二等奖；阮长耿院士所带博士生获得全国百名优秀博士论文奖，实现了苏州大学零的突破；血研所成功培育出世界罕有白血病细胞系株，为白血病研究做出重大贡献。
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